Η Δ.Ε.Β., αποτελείται από τα παρακάτω Τμήματα, με τις αντίστοιχες αρμοδιότητες:
Α. Τμήμα Αξιολόγησης Εγγειοβελτιωτικών Έργων και Υδροοικονομίας
Στις αρμοδιότητες του Τμήματος ανήκουν:
- Η αξιολόγηση των εγγειοβελτιωτικών έργων και η σύνταξη αναγνωριστικών εκθέσεων, γεωργοοικονομικών, περιβαλλοντικών και εδαφολογικών, που αφορούν τα έργα αυτά.
- Ο έλεγχος και η επεξεργασία των γεωργοτεχνικών,των γεωργοοικονομικών και των εδαφολογικών στοιχείων των μελετών των εγγειοβελτιωτικών έργων και η εκπόνηση μελετών αξιοποίησης παθογενών και επικλινών εδαφών.
- Η κατάρτιση και παρακολούθηση της εφαρμογής προγραμμάτων εγγειοβελτιωτικών και αντιδιαβρωτικών έργων και η ταξινόμηση των εγγειοβελτιωτικών έργων, σε συνεργασία με τις Δ/νσεις Προγραμματισμού, Γεωργίας και Τεχνικών Υπηρεσιών της Ν.Α. Πέλλας, αλλά και τις αντίστοιχες Περιφερειακές Υπηρεσίες.
- Ο καθορισμός των ζωνών κατάληψης των εγγειοβελτιωτικών έργων και η διαχείριση και εκμετάλλευση των ζωνών αυτών.
- Η διάδοση και εφαρμογή συστημάτων αρδεύσεων.
- Η εκτίμηση για αποζημίωση ζημιών και φθορών περιουσίας από την κατασκευή εγγειοβελτιωτικών έργων,σε συνεργασία με τις Δ/νσεις Γεωργίας και Τεχνικών Υπηρεσιών της Ν.Α. Πέλλας.
- Η έγκριση εκτέλεσης τοπογραφικών εργασιών (που δεν περιλαμβάνονται στο πρόγραμμα του Υπ. Γεωργίας) και η έγκριση διενέργειας υποχρεωτικού αναδασμού, σε περιπτώσεις εγγειοβελτιωτικών έργων.
- Η εκτέλεση και παρακολούθηση του προγράμματος αγροτικού εξηλεκτρισμού, της Ν.Α. Πέλλας.
Β. Τμήμα Αξιοποίησης Εγγειοβελτιωτικών Έργων.
- Η εποπτεία της λειτουργίας των εγγειοβελτιωτικών έργων και η αξιοποίηση αυτών.
- Η εποπτεία της λειτουργίας Ο.Ε.Β. που λειτουργούν στο Νομό, η συγχώνευση ή κατάργηση αυτών καθώς και η σύσταση νέων.
- Η έγκριση κανονισμού εσωτερικής υπηρεσίας και κανονισμού άρδευσης, συντήρησης και λειτουργίας των Ο.Ε.Β. που εποπτεύονται από την Δ.Ε.Β., καθώς και η τεχνική υποστήριξη αυτών, για την αξιοποίηση των αντίστοιχων έργων και δικτύων.
Γ. Τμήμα Διαχείρισης Υδατικού Δυναμικού και Υδρογεωλογίας
Στις αρμοδιότητες του Τμήματος ανήκουν:
- Η διαχείριση του υπόγειου και επιφανειακού υδατικού δυναμικού του Νομού.
- Η εκπόνηση και έλεγχος υδρογεωλογικών,και γεωλογικών μελετών.
- Η μέτρηση παροχών πηγών, ποταμών και γεωτρήσεων.
- Η συγκέντρωση, επεξεργασία, αξιολόγηση και αρχειοθέτηση των υδρογεωλογικών και μετεωρολογικών στοιχείων του Νομού.
- Η εκτέλεση και παρακολούθηση του προγράμματος ελέγχου ποιότητας αρδευτικών υδάτων.
- Ο γεωθερμικός προγραμματισμός και συντονισμός.
Δ. Τμήμα Εκμηχάνισης Γεωργίας Έδεσσας
Στις αρμοδιότητες του Τμήματος ανήκουν:
- Ο τεχνικός έλεγχος, η απογραφή και ταξινόμηση,καθώς και η έκδοση αδειών κυκλοφορίας γεωργικών μηχανημάτων, για τις περιοχές του Νομού Πέλλας των πρώην Επαρχιών Έδεσσας και Αλμωπίας.
- Η χορήγηση, έκδοση αδειών οδήγησης και πτυχίων χειριστών γεωργικών μηχανημάτων, για τις περιοχές του Νομού Πέλλας των πρώην Επαρχιών Έδεσσας και Αλμωπίας.
ΣΤ. Γραφείο Πληροφορικής και Διοικητικής Υποστήριξης
Στις αρμοδιότητες του Γραφείου ανήκουν:
- Η πρωτοκόλληση μέσω Η/Υ, η διακίνηση της αλληλογραφίας, η δακτυλογράφηση και η διεκπεραίωση των εγγράφων της Δ/νσης, καθώς και η οργάνωση και ταξινόμηση του αρχείου αυτής.
- Η γραμματειακή εξυπηρέτηση, καθώς και κάθε θέμα οικονομικό και διοικητικής μέριμνας που αφορά τη Δ/νση.
- Η τήρηση του εμπιστευτικού πρωτοκόλλου της Δ/νσης από τον προϊστάμενο του Γραφείου.
- Επίσης στο το Γραφείο αυτό ανήκουν οι οδηγοί αυτοκινήτων της Δ/νσης και οι υπάλληλοι γενικών καθηκόντων (επιμελητές) που είναι υπεύθυνοι για την καθημερινή αλληλογραφία, παραλαβή και παράδοση στο ταχυδρομείο, την επίδοση όλων των εγγράφων,προσκλήσεων της Δ/νσης καθώς και για τον χειρισμότων φωτοτυπικών μηχανημάτων.
Ε. Τμήμα Εκμηχάνισης Γεωργίας και Διοικητικών Υποθέσεων Γιαννιτσών
- Στις αρμοδιότητες του Τμήματος ανήκουν οι ίδιες αρμοδιότητες του Τμήματος Εκμηχάνισης Γεωργίας Έδεσσας, με τοπική αρμοδιότητα της περιοχής της πρώην Επαρχίας Γιαννιτσών, καθώς και η γραμματειακή εξυπηρέτηση του Τμήματος.